境内层峦叠嶂，群峰争奇，沟谷纵横，树林茂密，人迹罕至，生态完整，野生动植物资源丰富。既有类似黄山峻峭奇丽的景色，又有山中“台地”和群顶“小平原”等独特地形，是安徽省六大自然保护区之一。
保护区内不仅黄山松婀娜多姿，棠棣花姹紫嫣红，其怪石也有独特之处。它不像黄山怪石那样从峭壁突兀而起，而是直接从深厚、翠绿的大地上屹立，形象逼真，十分逗趣。如“仙人锯石”、“猿人上山”、“小姑背情郎”、“白云岩”、“仙人洞”、“龟蛇把关”、“狮象进门”、“天子池”等，类似景点达四五十处之多。壁立的石峰千变万化，有的像飞禽，有的似走兽，有的肖人，有的状物，还有更多的尚待人们为之冠以美名。另外，此处的流泉、飞瀑比比皆是，云河、云海更是变幻无穷，争异斗奇，使人赞叹不绝。
清凉峰因地形复杂，生态环境特殊，林木茂盛，雨水充足，因而不仅珍稀动物种类繁多，还有大量具有特殊经济价值和科研价值的优良珍贵树种。
属国家保护的珍稀动物有梅花鹿、白冠长尾雉、猕猴、苏门羚、白鹇、大灵猫、小灵猫、穿山甲、黑鹿、獐、四不像等数十种；石鸡、大鲵也颇有名气；另外，还有山雀、灰喜鹊、啄木鸟等200多种山禽，常翔集在山间深谷和茂密林中，或嘤嘤细吟，或啾啾欢唱，使保护区内更加充满生机。
清凉峰是皖南山区的绿色宝库之一。现已查明，保护区内有高等植物千余种，其中木本植物400多种，珍稀植物30余种，被列为国家重点保护的植物有华东黄杉、珍珠黄杨、香果树、莲香树、鹅掌楸、金钱松、黄山梅、天女花、绣球花等20余种。被国家列为重点保护的一类树种“华东黄杉”，是白垩纪或更古时代残存下来的孑遗树种，安徽省内除黄山云谷寺等处尚存一二株外，已濒临绝种边缘。而科学工作者却在此处发现了成片的20多株华东黄杉。不仅具有观赏、实用价值，更有着突出的科研价值。
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